Gli inventari (manoscritti o dattiloscritti) non pubblicati a stampa, sono consultabili solo presso la sala inventari dell'Istituto, sia nella sede centrale di Palazzo Guidiccioni, sia nella sede sussidiaria degli Ex Macelli Pubblici.
I primi diciassette volumi, denominati "inventari d'uso", sono mezzi di corredo che completano i quattro volumi a stampa. Furono redatti da Salvatori Bongi e dai suoi collaboratori nel lungo periodo preparatorio alla redazione dell'Inventario e descrivono, per ogni unità archivistica, il "numero d'ordine", la "denominazione dei documenti", le "epoche" (ovvero gli estremi cronoligici), permettendo l'immediata identificazione del pezzo anche quando l'inventario a stampa ne dà una descrizione complessiva.
Gli inventari compilati successivamente alla pubblicazione dell'Inventario di Salvatore Bongi (fatta eccezione per quelli relativi agli Archivi gentilizi, descritti nei voll. V-VIII a stampa) e denominati tradizionalmente "inventari manoscritti" sono stati raccolti in più volumi e numerati con numero progressivo, numero che indica lo specifico inventario e non il volume entro il quale esso è contenuto.
Si tratta prevalentemente di inventari di fondi versati, donati o acquistati dall'Archivio successivamente all'edizione dell'Inventario del Bongi. Solo in alcuni casi, come ad esempio Presidenza del Buon Governo, forniscono ulteriori dati rispetto a quelli forniti nell'opera del Bongi. Vi si trovano inventari analitici, così come inventari sommari o semplici elenchi di versamento.
Gli inventari manoscritti sono corredati dai relativi indici, i quali contengono, in ordine alfabetico, le voci riportate nel singolo inventario cartaceo.
