Caduta la longeva Repubblica di Lucca (1799) seguirono alcuni anni con rapide successioni di governi, durante i quali fu decretata l'istituzione di un Archivio dello Stato (27 agosto 1804) che fu affidato a Girolamo Tommasi, insigne storico lucchese. Da tale Archivio restavano separate le carte della Camera de' libri e delle Scritture, ovvero del più antico archivio pubblico del Comune di Lucca di cui si ha la prima menzione documentaria nello Statuto del 1308.
Infatti, a partire dal 1389 fu decretato il confluire nella Camera anche delle carte dei notari che andarono quindi ad aggiungersi a quelle degli uffici giudiziari e fiscali, insieme a tutta la documentazione anteriore al 1369, cioè all'anno del recupero della Libertà dal dominio pisano.
A partire da quello storico avvenimento, infatti, si erano creati due diversi archivi: uno appellato Archivio di Palazzo per le carte politiche e di governo (fisicamente poi a loro volta distinte tra carte pubbliche -conservate nelle Cancellerie- e carte segrete -custodite nella Tarpea-) e l'altro, quello della "Camera librorum" che, dopo varie peregrinazioni di sede e sostanziosi accrescimenti di carte notarili, assunse la nuova denominazione di Archivio Pubblico o de' Notari.
La loro unione fu progettata dai Baciocchi che al tempo del Principato (1805-1814) ne avviarono il concentramento nel Generale Archivio Diplomatico, benché poi esso non sia stato realizzato per l'incalzare degli eventi.
Costituitosi il Ducato venne acquistato il palazzo dei Guidiccioni (1822) col preciso intento di farne la sede dell'Archivio Generale, ma altre emergenze costrinsero a farne la sede della sola Camera de' Notari.
Al tempo del Granducato di Toscana (1847-1860) si approdò infine alla tanto auspicata riunione documentaria: con il 1860, il cinquecentesco palazzo Guidiccioni aprì al pubblico le porte dell'Archivio di Stato in Lucca.
Dal libero Comune alle conquiste di Castruccio Castracani (1314-1328), dalle dominazioni straniere al ricomporsi del pacifico et populare Stato retto dalle magistrature della Repubblica Lucense fino alla signoria di Paolo Guinigi (1400-1430); ed ancora la Repubblica, ma sempre più oligarchica, per approdare al Principato con l'intermezzo dei governi provvisori fino al chiudersi della plurisecolare indipendenza col Ducato Borbonico; infine il breve confluire sotto il Granducato di Toscana e quindi l'adesione al Regno d'Italia incanalandosi nel comune destino dell'Unità italiana: queste le principali tappe nella storia di Lucca, nota come città-stato retta con garbata medietas dai suoi governanti.
Al nucleo originario, descritto nei primi quattro volumi di Inventario (editi con Salvatore Bongi alla direzione dell'Archivio di Stato in Lucca), sono seguiti gli accrescimenti dei fondi: Catasto italiano, Comitati di liberazione nazionale, Conservatoria, Intendenza di Finanza, Prefettura, Preture, Questura, Ospedali, Tribunale; e di importanti archivi privati tra cui quelli descritti nei successivi volumi (VI-VIII) degli inventari a stampa: Arnolfini, Bottini, Buonvisi, Guinigi, Mansi, Sardini, Cenami, Sardi ed altri in corso di ordinamento e di pubblicazione, come Bongi, Raffaelli, Spada, Tucci.
Attualmente il patrimonio archivistico conservato si estende per oltre 20.000 metri lineari e consiste in 22.439 pergamene, oltre 166.000 pezzi cartacei, mappe, monete, medaglie e distintivi, sigilli e timbri, coni e punzoni.
